의약계는 이번에 개정되는 약가제도가 통과되면 해당 약제뿐만 아니라 향후 등재될 신약, 나아가 제네릭 의약품의 가격도 오를 것이라고 경고했다.
의약계 단체들은 이번 개정안은 공청회 등의 공개적인 논의 없이 제약회사들의 일방적인 의견만 수렴해 작성됐다며 제약업계 편들기라고 주장했다.단체들은 효과 개선, 부작용 감소, 복약 순응도 개선 등이 인정되는 약제의 급여 적정성 평가 시, 투약 비용 비교 가격을 대체 약제 가중평균가에서 비교약제 가격으로 상향한다는 조항은 경제성을 입증없이 약값을 올려주겠다는 것으로 제약사에게 특혜조치라고 반대했다.
경제성평가 없이 대체약제 가중평균가 90%를 수용한 약제의 경우 약가협상을 면제하는 신속등재절차(Fast track)는 신약 가격이 상승해 다국적 제약사에게 유리할 것이라고 지적했다.신약의 글로벌 진출 지원을 위해 수출 신약의 사용량-약가 연동제 폐지 및 환급제도 도입은 사용량이 많아져도 환자들의 본인부담금이 줄어들지 않는다고 지적했다.
이번 약가제도 개정안은 제약사의 배만 불일 수 있다고 강력히 반대했다.의약계는 약가제도 개선안 대한 다양한 의견서를 제출하고 불합리한 사항을 개선해 줄 것을 요구했다.