기획재정부가 임상시험용역에 대한 부가가치세를 소급하지 않는 대신 3월17일 계약분 부터 부과하겠다는 방침을 결정했다.

기획재정부는 13일 '의약품 안전성 검사 등을 목적으로 정형화된 실험·측정방법에 따라 제약사에게 공급하는 시험용역'에 대해 여러 국가에서 과세를 하고 있다며 2014년 3월 17일부터 계약을 하는 임상시험용역에 대해 과세를 적용할 것이라고 밝혔다.

이에 대해 병원계가 문제를 제기했다. 기획재정부가 과세 적용으로 밝힌 이유가 면세과세 대상인 임상시험을 의료행위로 보지 않고 있다는 시각이 문제라는 것이다.

병원협회에 따르면 임상시험은 학술연구용역과 기술개발 또는 의료인이 행하는 의료보건용역으로 면세대상이며, 국세청도 지금까지 세무조사에서 단 한 차례도 과세를 하지 않았다고 했다.

보건복지부도 임상시험은 새로운 이론이나 방법 또는 공식에 의해 개발된 약물의 검증절차로 의약품 개발에 필수적인 과정이고, 의료인이 행하지 않으면 대상자에게 보건위생상 위해가 발생될 우려가 높은 의료행위라는 입장을 밝혔다.

보건복지부가 부가세 면제 대상이라고 판단했음에도 기획재정부는 일방적이고 자의적인 해석에 따라 부가세 과세 방침 결정을 내린 것은 지금까지 쌓아온 임상시험 관련 학술이나 의약산업이 크게 위축될 가능성이 크다.

최근 한국신약개발연구조합이 발표한 자료에 따르면 신약개발과 관련된 임상시험에 부가세가 부과될 경우 글로벌 임상시험의 경우 제약사의 추가적인 부담은 200억원이 될 것으로 예측되고 있다. 국내 제약사들은 신약개발을 하는 것도 버거운데 세금부담까지 더해질 경우 신약개발 의지가 꺾일 수도 있다.

또 신약개발과 관련된 세계시장 규모는 약 150조원에 이른다. 2018년에는 167조원으로 성장할 것으로 예상되고 있다. 우리나라는 지난 2012년 미국, 독일, 일본 등에 이어 세계 10위권 시장에 진입했다.

이번 기획재정부의 조세정책으로 인해 그 동안 어렵게 일궈놓은 의학수준을 퇴보시키고 150조원의 임상시험 시장을 놓치지 않을까 걱정된다. 조세수입보다 더 큰 손실을 입을 수 있다는 점도 간과해서는 안 된다.

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